Inscrite sur la liste des zones humides d'importance internationale, la baie du Mont Saint-Michel est en toute saison d'une richesse ornithologique exceptionnelle. Limicoles, anatidés, laridés, mais aussi rapaces, passereaux viennent s’y reposer, s’alimenter, muer, se reproduire, ou hiverner. Jusqu’à 100 000 oiseaux d’eau y sont dénombrés en hiver !
Au cours de l’opération de Rétablissement du Caractère Maritime du Mont Saint-Michel (2005-2015), des aménagements ont été réalisés pour limiter l’ensablement autour du Mont et lui permettre de redevenir une île lors des grandes marées. Un programme de suivi a été mis en place et accompagne la gestion du site, afin de garantir la préservation de la biodiversité exceptionnelle de la baie du Mont Saint-Michel, notamment les oiseaux.
Le suivi de l’avifaune a débuté en 2010 et porte sur les oiseaux de la baie et de l’estuaire du Couesnon, avec une attention particulière pour les espèces visées par la Directive Oiseaux (Natura 2000).